Neben der Fachschaft gibt es noch eine Reihe eigenständiger Arbeitsgruppen, die sich regelmäßig treffen und unabhängig von der Fachschaft arbeiten. Darunter zählen:
- AG Anki-Med
- AG Austausch
- AG Antirassismus Medizin
- AG Care and Travel
- AG für interprofessionelle Lehre (AGiL)
- AG Gesundheit braucht Klimaschutz
- AG Medizin und Menschenrechte
- AG Gendermedizin
- AG PAN Erlangen
- AK Aufklärung Organspende
- AK Impfaufklärung
- AK Lachschaft
- Anamnesegruppen
- Generation Mosaik
- Hörsaalkino
- Medimeisterschaften
- Mit Sicherheit Verliebt (MSV)
- Medizinerpartys
- Teddybärkrankenhaus
- #fairesPJ
Folgende Projekte sind ursprünglich Teil der Fachschaft gewesen, aber aufgrund Ihres Erfolgs mittlerweile als eigenständige Vereine tätig:
- AG Aufklärung gegen Tabak
- AG für interprofessionelle Lehre (AGiL)
- AG Medizin und Menschenrechte